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鳴人和佩恩對打，佩恩被擊倒，但是本體不在這里，鳴人去尋找長門，長門最終改過自新，利用輪回天生之術復活了木葉的人們。

在389話中，最后一個佩因也被鳴人打倒了。鳴人利用佩因身上的查克拉接收器找到了長門，自來也的兩個弟子終于見面了。在見到長門的那一刻，鳴人始終無法原諒長門對自己村子犯下的罪過，另外，他想知道同為自來也的徒弟，長門為何會殘忍的殺害木葉的人們，究竟是怎樣的過去使長門扭曲了自來也的信仰。

原來，在長門還是個孩子的時候，雨隱村被卷入大國之間的戰爭中，長門的父母被木葉的忍者誤殺了，從此后，長門走上了漂泊的道路。不久，他遇見了小南和彌彥，三人加一只狗開始靠偷東西維持生活。在生活如此窘迫的時候，彌彥依舊對未來充滿希望，他希望有一天能征服世界。終于有一天，和他們相依為命的小狗死了，而后他們開始追尋木葉三忍。

但是，彌彥死后，長門代替彌彥成為了組織的首領，為了他們的目標，組織的成員接二連三的死去了，長門認為只要人存在，憎恨是不會消除的，自來也的想法根本就不切實際。在聽完長門的故事，鳴人表示雖然理解長門的行為可還是無法原諒他的罪過。不過，自己是自來也的徒弟，自來也將希望寄托于他的身上，他就要相信自來也所相信的東西。得知站在他面前的人名叫鳴人，看到鳴人的決心，長門做了一個令人震驚的決定。

長門用盡自己的查克拉，將整個木葉陣亡于此次戰爭中的人們復活了，可長門卻因此死去了，小南將長門和彌彥的遺體帶走，并決定脫離曉組織，臨走前，小南表示自己會相信鳴人，和鳴人一起追逐長門同彌彥的夢想，希望鳴人能開出永不凋謝的花。鳴人拜別了師父，終于回到了村子，現在的鳴人終于得到了全村人們的認同。